Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel bietet zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai-eine Wahl, die eine Diskussion vor der Veröffentlichung generiert hat.

Es ergaben Bedenken, dass die Konzentration auf einen Charakter zu verpassten Story -Elementen oder zu Gameplays führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: "Ich wechsle zwischen Charakteren, vielleicht 3-5 Stunden mit einem, dann 2-3 mit dem anderen."

Dumont stellte jedoch klar, dass die Priorisierung eines Charakters nicht schädlich sein wird. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Kernerzählung an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, ihren Vorlieben zu folgen: "Sie werden nicht viel vermissen. Es hängt von Ihrem Spielstil ab. Jeder Held hat einzigartige Einführungen und Quests, aber die Haupterfahrung ist anpassungsfähig. Wählen Sie Ihren Favoriten, die Geschichte wird sich anpassen."