Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu propose deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique - un choix qui a généré une discussion pré-libérée.

Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: "Je bascule entre les personnages, peut-être 3-5 heures avec l'un, puis 2-3 avec l'autre."

Cependant, Dumont a précisé que la priorisation d'un personnage ne sera pas préjudiciable. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit principal s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à suivre leurs préférences: "Vous ne manquerez pas beaucoup. Cela dépend de votre style de jeu. Chaque héros a des introductions et des quêtes uniques, mais l'expérience principale est adaptable. Choisissez votre favori, l'histoire s'ajustera."