El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no afectará significativamente su experiencia. El juego ofrece dos personajes jugables: Naoe, una femenina shinobi y Yasuke, un samurai africano histórico, una elección que ha generado una discusión previa a la liberación.

Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a elementos de la historia perdidos o un juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Cambio entre personajes, tal vez 3-5 horas con uno, luego 2-3 con el otro".

Sin embargo, Dumont aclaró que priorizar a un personaje no será perjudicial. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa central se adapta a la elección del jugador. Él alienta a los jugadores a seguir sus preferencias: "No perderás mucho. Depende de tu estilo de juego. Cada héroe tiene presentaciones y misiones únicas, pero la experiencia principal es adaptable. Elige tu favorito, la historia se ajustará".